Les logiciels de docking moléculaire permettent de prédire les orientations de liaison et les affinités d'une petite molécule au sein du site de liaison d'une protéine cible, facilitant ainsi l'identification de candidats-médicaments potentiels. Ils prédisent la manière dont de petites molécules, telles que des substrats ou des candidats-médicaments, s'intégreraient dans le site de liaison d'une protéine en simulant l'interaction entre les ligands et les protéines. Cette simulation facilite la conception de médicaments et la recherche biochimique en permettant de mieux comprendre la pharmacocinétique et la pharmacodynamique des substances.
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