La disfunzione geochimica dello chott di Ain El Beida è stata evidenziata in seguito all'osservazione di questa zona umida dal dicembre 2010 al maggio 2011. Dal punto di vista geologico, il fondo, costituito da sabbie, evaporiti e materia organica non degradata, è caratterizzato da una grande variazione laterale dei facies. Il facies chimico delle acque va da clorurato a clorurato sodico e potassico. Il pH, la salinità, la densità, l'alcalinità delle acque e i tenori degli ioni principali mostrano un andamento anomalo durante il periodo di osservazione; dal punto di vista spaziale, evidenziano l'eterogeneità delle acque dello chott. Si tratta di un lago effimero fortemente influenzato dall'azione antropica e molto sensibile alle variazioni delle condizioni climatiche. Infatti, l'afflusso permanente di acque reflue e di irrigazione e l'alternanza di periodi caldi e freddi sono all'origine delle ricorrenti interruzioni dell'evaporazione che inducono il malfunzionamento geochimico di questo ecosistema classificato come zona umida delle regioni desertiche.
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