As ferramentas de software de acoplamento molecular prevêem as orientações de ligação e as afinidades de uma molécula minúscula no interior do sítio de ligação de uma proteína-alvo, facilitando a identificação de possíveis candidatos a medicamentos. Estas ferramentas prevêem como moléculas minúsculas, tais como substratos ou candidatos a tratamento, se encaixariam no sítio de ligação de uma proteína, simulando a interação entre ligantes e proteínas. Esta simulação contribui para o desenvolvimento de fármacos e para a investigação bioquímica, proporcionando uma compreensão da farmacocinética e da farmacodinâmica das substâncias.
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